本日作業を行い、フォルダを２つFilezillaからアップロードしたのですが、
表示がうまくいかず、該当フォルダの中でファイル容量の多いものを見つけた為
削除しようと試みておりますが、削除することができません。

XFREEログイン画面からログインし、WebFTP画面に入ることは可。
該当フォルダをバツマークで削除すると、暫く待った後に画面が遷移し、
下記メッセージが表示されて何もできなくなる。

Internal Server Error
The server encountered an internal error or misconfiguration and was unable to complete your request.

Please contact the server administrator, root@localhost and inform them of the time the error occurred, and anything you might have done that may have caused the error.

More information about this error may be available in the server error log.

なお、この現象が起きてから、FilezillaからのFTPアクセスも安定しなくなり、
ログインまではできるが、ルートフォルダの一覧取得が不可の状態になっています。

FTPのトラブルに関する質問の箇所には、メールサポートに問い合わせて下さいと記載がありますが、
メールサポートはxdomain側に送っても対応してくれるのでしょうか？